魚類調査は造礁サンゴモニタリング調査と併行し、各海域ごとのコドラート内に出現する魚種の目視記録（コドラート調査：定量調査）とコドラート周辺に出現する魚種の目視記録（ライン調査：定性調査）を実施しています。

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近年、日本各地で、海水温上昇に伴い季節来遊性の南方魚種の出現が数多く確認されています。この調査では、サンゴ群集と魚類群集の関係を視野に調査を行っています。

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